Для обновления системы или установки программ в Ubuntu имеется программа aptitude (некоторые пользуются apt-get). Все хорошо, когда компьютер имеет подключен напрямую к Интернет или локальная сеть построена без использования прокси-сервера. Если прямого доступа нет, а используется прокси, то наверняка в браузере прописаны параметры прокси-сервера. Однако, aptitude — это не браузер, он не знает о настройках прокси.

Если необходимо воспользоваться прокси одноразово, то можно выполнить в консоли такую команду:

export http_proxy='http://username:password@host:port/'
export ftp_proxy='http://username:password@host:port/'

Если же использование прокcи для aptitude необходимо сделать перманентным, то надо создать файл (нужны права root) /etc/apt/apt.conf.d/01proxy со следующим содержимым:

Acquire {
 http::Proxy "http://username:password@host:port/";
}

Теперь aptitude будет работать через прокси.